Ces milieux renferment peu d'espèces différentes. L’obscurité totale empêche tout développement de végétaux et donc la présence de consommateurs primaires végétariens.
Trois types d’animaux vivent dans cet habitat :
- Les trogloxènes qui fréquentent les grottes pour effectuer les diapauses hivernales ou estivales (chiroptères, mollusques, papillons, batraciens, diptères, phryganes…).
- Les troglophiles qui sont des formes peuplant les milieux souterrains en raison de conditions écologiques régnant dans ceux-ci (ex. : Escargots du genre Oxychilus).
- Les troglobies (ex. : Protée) dont le niveau d’évolution adaptative ne permet plus leur survie en dehors de ce milieu.
Ces milieux, souvent très isolés, abritent des écosystèmes rares et sont très sensibles aux modifications physico-chimiques. De nombreuses espèces endémiques hypogées s’y rencontrent : collemboles, orthoptères, coléoptères, mollusques, amphibiens…
